Gereja Protestan Maluku atau GPM adalah gereja Protestan yang melayani di wilayah Provinsi Maluku (Pulau Buru, Pulau Seram, Pulau Ambon, Pulau-pulau Lease (Saparua, Haruku dan Nusalaut), Pulau-pulau Banda, Kepulauan Kei, Kepulauan Aru (Dobo), Tanimbar, Babar, Leti–Moa–Lakor, Kisar hingga Wetar, dan Provinsi Maluku Utara (Ternate, Pulau-pulau Bacan, Pulau-pulau Obi, dan Kepulauan Sula) GPM bertumbuh dengan berbagai tantangan yang bukannya membuat umat Kristen di provinsi kepulauan ini mundur, tetapi semakin membuat semangat kekristenan mereka makin menyala-nyala. Tantangan-tantangan yang dihadapi mulai dari dibombardirnya wilayah Ambon pada Perang Dunia II oleh Jepang, yang menyebabkan separuh hamba Tuhan terbunuh dan penduduk di beberapa desa dibantai. Kemudian ketika pecahnya pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) pada tahun 1950 berakibat pada hancurnya sebagian besar gereja di Ambon dan Seram. Kemudian yang terakhir ketika pecah kerusuhan antarwarga Kristen – Islam yang sangat disayangkan adalah buah tangan orang-orang yang membenci kedamaian. Sehingga kembali lagi gereja dan bangunan-bangunan penting milik GPM ikut hancur, fasilitas sekolah dan kampus Universitas Kristen hangus terbakar. Dua Klasis berhenti melayani dan ratusan warga yang ada di desa dan kota dibantai. Ribuan orang pun mengungsikan diri ke wilayah aman seperti Sulawesi Utara, Bali, dan Papua. Akibatnya di Ambon dan beberapa tempat bekas kerusuhan muncul pembagian wilayah-wilayah Islam dan Kristen yang sebenarnya sangat disayangkan, serta muncul trauma-trauma negatif yang masih tertanam pada kedua pihak.

Konflik sosial tahun 1999 – 2002 adalah salah satu ujian bagi semua masyarakat Maluku. Dalam masa itu, GPM, berjuang bagi usama-usaha perdamaian antar-masyarakat. Intinya, upaya membangun peace and trust building, adalah langkah awal untuk menghentikan peperangan antar-warga (2000-2005). Di masa berikutnya, GPM memandang perdamaian sebagai hal yang hakiki, karena itu melanjutkan usaha peace and trust buliding itu dengan program Pendidikan perdamaian (peace education). Seiring waktu berjalan 2005-2010, usaha itu gencar dilakukan secara lintas agama. Persaudaraan antar-umat beragama ditumbuhkembangkan dalam rajutan budaya Pela Gandong, ain ni ain, sita eka tu, kai wait, sebagai bentuk kearifan lokal masyarakat Maluku tanpa memandang perbedaan satu sama lainnya. Tidak ada pilihan lain selain perdamaian, sebab itu GPM membuka diri menjadi Gereja Orang Basudara (GOB) yang turut berperan merawat keragaman masyarakat dan bangsa Indonesia, menjauhi gerakan intoleransi.